• Vers une recherche reproductible
  • Préambule
  • I Chroniques de la non reproductibilité
  • 1 État des lieux
    • 1.1 La crise de la reproductibilité de la science
    • 1.2 Pourquoi la question de la reproductibilité est-elle devenue centrale dans les débats actuels ?
    • 1.3 Définition(s) de “recherche reproductible” ?
    • 1.4 Où l’on parle de recherche reproductible de manière pragmatique
    • 1.5 Échantillon choisi parmi les multiples causes d’une recherche non reproductible
    • 1.6 Non, la recherche reproductible n’est pas un sujet réservé aux marathoniens de la ligne de commande
    • 1.7 La minute théologie négative : ce que vous ne trouverez pas dans cet ouvrage
  • 2 Retours d’expériences
    • 2.1 Charles P., doctorant en sociologie
    • 2.2 Jeanne A., jeune méthodologiste en biostatistique
    • 2.3 Cindy D., stagiaire de Master en physique des matériaux
    • 2.4 Long N., enseignant-chercheur en biologie
    • 2.5 Mohammed B., ingénieur d’étude en calcul scientifique
    • 2.6 Christina Z., directrice de recherche
  • 3 Symptômes d’une recherche non reproductible
    • 3.1 J’ai perdu mes données ou mon code de programmation !
    • 3.2 Mes résultats ont changé !
    • 3.3 Mon code ne marche plus !
    • 3.4 Mon nouveau doctorant n’observe pas les mêmes effets que son prédécesseur !
    • 3.5 Mais fallait-il vraiment écrire toute cette tartine ?
  • II Sources de non reproductibilité
  • 4 Acquisition de l’information
    • 4.1 Absence de standardisation de la collecte des informations
    • 4.2 Modification des données après une première collecte
    • 4.3 Une collecte d’informations non répétable ou non reproductible
      • 4.3.1 Quelques définitions issues du Vocabulaire International de Métrologie
      • 4.3.2 Impact d’une absence de répétabilité ou de reproductibilité dans la collecte des informations
    • 4.4 Collecte des données à plusieurs
    • 4.5 Collecte des données de la littérature
    • 4.6 Que faire ?
  • 5 Gestion des données
    • 5.1 Intégrité et curation des données
    • 5.2 Traçabilité de la source des données
    • 5.3 Indexation des données
    • 5.4 Codages et unités
    • 5.5 Obsolescence des données
    • 5.6 Que faire ?
  • 6 Programmation et calcul
    • 6.1 Le code n’est pas disponible
    • 6.2 Comment lance-t-on ce code ? (“Allô Houston ?”)
    • 6.3 Comment fonctionne ce code ? Lost in translation
    • 6.4 Quelle version du code ?
    • 6.5 L’environnement de calcul ou le paradigme des poupées russes diaboliques
    • 6.6 Le chaos numérique
    • 6.7 Que faire ?
  • 7 Communication des résultats
    • 7.1 Une mauvaise sélection des résultats
    • 7.2 Transformation des résultats
    • 7.3 Présentation des résultats
    • 7.4 Que faire ?
  • III Solutions de la recherche reproductible
  • 8 Le temps des changements ?
    • 8.1 Quand mettre en œuvre les bonnes pratiques ?
    • 8.2 Concrètement, que changer et comment s’y prendre ?
  • 9 Documenter ses pratiques
    • 9.1 Rédiger un protocole de collecte des informations
    • 9.2 Partager le protocole de collecte des données
    • 9.3 Tenir un cahier de laboratoire
    • 9.4 Collecter les données de façon répétable ET reproductible
    • 9.5 Pour en savoir plus
  • 10 Formater et structurer l’information
    • 10.1 Comment structurer mes informations ?
    • 10.2 Quel format choisir pour enregistrer et stocker des informations ?
    • 10.3 La présentation des résultats numériques
      • 10.3.1 Nombre de chiffres significatifs
      • 10.3.2 Incertitude
    • 10.4 Pour en savoir plus
  • 11 Partager ses données, codes et résultats
    • 11.1 Compendium de recherche
    • 11.2 Modalités de partage
      • 11.2.1 Sur demande
      • 11.2.2 Page web personnelle
      • 11.2.3 Hébergement par un tiers
      • 11.2.4 Archives pérennes
    • 11.3 Pour en savoir plus
  • 12 Versionner, versionner, versionner
    • 12.1 Versionnage par nommage de fichiers
    • 12.2 Outils de versionnage différentiel
    • 12.3 Pour en savoir plus
  • 13 Apprendre à programmer
    • 13.1 Les limites des interfaces graphiques
    • 13.2 De l’intérêt de la programmation
    • 13.3 Le choix des armes
    • 13.4 Pour en savoir plus
      • 13.4.1 MOOCs
      • 13.4.2 Tutoriels
      • 13.4.3 Livres
      • 13.4.4 Ateliers en ligne “Software Carpentry”
  • 14 Rendre son code compréhensible
    • 14.1 Nommer ses variables et ses fonctions de manière informative
    • 14.2 Etre explicite
    • 14.3 Commenter son code
    • 14.4 Documenter son code
    • 14.5 Utiliser des documents computationnels (notebooks)
    • 14.6 Restructurer et automatiser l’exécution du code avec un workflow
    • 14.7 Pour en savoir plus
  • 15 Exactitude des codes
    • 15.1 Programmation en binôme
    • 15.2 Tester votre code
    • 15.3 Intégration continue
    • 15.4 Pour en savoir plus
  • 16 Environnement logiciel
    • 16.1 Identifier les dépendances : dessine-moi une dépendance
    • 16.2 Préserver le désordre (aka “Preserve the mess”)
      • 16.2.1 Isoler une machine
      • 16.2.2 Isoler un environnement à l’aide d’un conteneur
    • 16.3 Les systèmes de gestion de paquets
    • 16.4 Pour en savoir plus
  • 17 Sortez couverts !
    • 17.1 Licence
    • 17.2 Confidentialité et protection des données, respect de la vie privée
    • 17.3 Pour en savoir plus
  • Bibliographie
  • IV Compléments à la 1ère édition
  • Introduction aux compléments à la 1ère édition
  • V Annexes
  • 18 Annexes
    • 18.1 Modalités de conception de l’ouvrage
    • 18.2 Objectif
    • 18.3 Que peut apporter un book sprint à des chercheurs.euses ?
  • Portraits
    • Auteurs
      • Loïc Desquilbet
      • Boris Hejblum
      • Arnaud Legrand
      • Pascal Pernot
      • Nicolas Rougier
    • Facilitatrice
      • Elisa de Castro Guerra, ActivDesign
    • Coordinatrice du projet
      • Sabrina Granger
    • Contributeurs de la 1re édition
    • Contribuer
    • Remerciements
  • Quatrième de couverture
  • Compilé avec bookdown

Vers une recherche reproductible

Vers une recherche reproductible

Faire évoluer ses pratiques

Loïc Desquilbet, Sabrina Granger, Boris Hejblum, Arnaud Legrand, Pascal Pernot, Nicolas Rougier
Facilitatrice : Elisa de Castro Guerra

2019-07-23